Organizarea si functionarea FMI se bazeaza pe asa numitele "cote parti " subscrise de tariile care adera la aceasta organizatie, adica pe volumul resurselor pe care statele membre le pun la dispozitia FMI si care determina inclusiv numarul de voturi de care dispune fiecare stat membru in organele de conducere, precum si importanta imprumuturiilor de care pot beneficia fiecare tara. Cotele parti au fost exprimate in dolari si se fixeaza in functie de valoarea comertului exterior si de valoarea productiei statelor membre in raport cu o serie de conditii politice , favorabile , cel mai des , SUA si Marea Britanie. Fondul Monetar International nu este o institutie independenta, precum bancile centrale. El este condus de reprezentantii statelor membre, reuniti in diferite forme de organizare.
Organele de conducere ale FMI sunt: Consiliul guvernatorilor, Consiliul executiv si Directorul general. Pentru desfasurarea activitatii sale, FMI este organizat pe comitete si departamente specializate.
1 Consiliul guvernatorilor constituie organul suprem si stabileste liniile directoare ale activitatii Fondului(cu rol de adunare generala). Fiecare stat membru este reprezentat de un guvernator (Ministrul de finante sau Guvernatorul bancii centrale si detine un drept de vot a carui importanta difera in functie de cota parte de capital subscrisa de statul respectiv) si un supleant numit de fiecare tara. Dintre membrii Consiliului guvernatorilor unul este ales presedinte. In sfera atributiilor sale intra: primirea de noi membri, excluderea membrilor, modificarea statutului, revizuirea cotelor de participare, incheierea de aranjamente valutare cu alte institutii etc. De regula, in luna septembrie a fiecarui an, Consiliul guvernatorilor se intruneste intr-o sesiune ordinara, in cadrul careia se examineaza activitatea Fondului in cursul anului financiar incheiat (1 aprilie - 31 martie) si se stabilesc liniile directoare ale activitatii viitoare.
2 Consiliul executiv(de administratie) este format din 24 directori executivi cu sediul in permanenta la Washington, din care 5 sunt numiti si restul alesi. Rolul Consiliului de Administratie este de a conduce afacerile curente referitoare la supravegherea politicilor de schimb, la acordarea de sprijin financiar, la problemele administrative si financiare.
Deciziile Consiliului de Administratie si ale Consiliului Guvernatorilor sunt luate cu majoritate calificata.
3 Directorul general este numit de Consiliul executiv pe o perioada de 5 ani. El prezideaza intalnirile Consiliului executiv, nu voteaza decat in situatia in care exista egalitate de voturi si poate participa si la sedintele Consiliului guvernatorilor, dar fara drept de vot. Directorul General este intotdeauna european, in timp ce presedintele Bancii Mondiale este american.
Directorul general este asistat de trei directori generali adjuncti.
4 Comitetul interimar a fost infiintat in anul 1974 ca un organ consultativ compus din 24 membri, care da avize si face rapoarte catre Consiliul guvernatorilor pe probleme privind gestionarea si adaptarea sistemului monetar international.
5 Comitetul dezvoltarii constituit in acelasi an este un comitet ministerial reunit al Consiliului guvernatorilor FMI si al Bancii Mondiale, care analizeaza transferurile de resurse catre tarile in curs de dezvoltare.
La nivelul FMI sunt organizate departamente geografice (Africa, Asia-Pacific, Europa, Orientul Mijlociu, Emisfera Occidentala) si departamente functionale si servicii speciale (Departamentul de finante publice, Departamentul juridic, Institutul FMI, Departamentul monetar si valutar, Departamentul de studii, Departamentul de statistici si Departamentul de trezorerie).